知网查重文献标注的方法主要包括手动标注和自动标注两种。手动标注是指通过人工逐条对文献进行标注，需要耗费大量时间和精力，但标注准确度高。自动标注则是利用专门的查重软件，根据设定的规则和算法进行标注，速度快但可能存在一定的误差。在实际应用中，可以根据需求选择合适的标注方法。

除了手动标注和自动标注外，还有一些辅助标注的方法，如利用同行评审系统进行标注、使用专业的文献管理软件进行标注等。这些方法可以提高标注的效率和准确度，帮助研究者更好地管理和利用文献资源。在选择标注方法时，需要根据具体情况综合考虑时间、精力和准确度等因素，以达到最佳的标注效果。