知网查重不按章节查的原因主要是因为知网的查重系统是基于整篇文档进行比对的。知网查重系统采用的是全文查重的方式，即将整篇文档作为一个整体进行查重比对，而不是按照章节进行分别查重。这是因为全文查重可以更全面地检测文档中的重复内容，无论是整段引用还是零散的重复内容都能被查重系统有效检测出来。此外，全文查重也能更好地避免文档中的抄袭行为，提高查重的准确性和可靠性。

另外，知网查重不按章节查也是为了避免绕过查重系统的可能性。如果按照章节进行查重，作者可能会选择将抄袭内容分散在不同章节，以此来规避查重系统的检测。而全文查重可以有效避免这种情况的发生，从而更好地保障学术文献的原创性和学术诚信。因此，虽然知网查重不按章节查可能会给用户带来一定的不便，但这也是为了更好地保护学术文献的原创性和学术诚信。